אגף החינוך של מועצה מקומית שוהם, יחד עם ראש המועצה, יו"ר ועדת חינוך וחברי המועצה, וגופים נוספים כמו חמש, מובילים תהליכים חינוכיים וחברתיים מתקדמים וחדשניים, המתחילים כבר במסגרות של גני הילדים ביישוב. כיאה ליישוב שרוב תושביו ממעמד סוציו-אקונומי בינוני- גבוה, מערכת החינוך של המועצה מציעה תכנים עשירים ומעמיקים, ומערכת חינוך הוליסטית המושתתת על ערכי מורשת, יהדות, תרבות ואורח חיים בריא. גני ילדים של המועצה בשוהם מטפחים את ילדי היישוב ותורמים להצלחתם בעתיד ולהיותם אזרחים בעלי מודעות גבוהה.
בשוהם למעלה מ- 30 גני ילדים המפוזרים בשכונות השונות, בכל גן ילדים עומדת גננת מוסמכת ומנוסה. בחודש ינואר מתחיל הרישום לגני המועצה, חלוקת הילדים מתבצעת לפי אזורי מגורים, במידת הצורך ניתן לפנות לאגף החינוך ולהגיש בקשה לרישום הילד בגן אחר. הרישום מתבצע ביעילות דרך אתר המועצה, ובחודש ינואר ניתן להגיע לאגף החינוך כדי לרשום ילדים חדשים ועל מנת להגיש בקשות מיוחדות, לרבות בקשה להנחה או לקבלת מלגה.
גני ילדים של המועצה בשוהם מעניקים מסגרת חינוכית מתקדמת המאפשרת לילדים בגילאי טרום חובה וחובה לצמוח בקצב אישי, וליהנות מחינוך ערכי הכולל שלל תכנים חינוכיים, חוויות, כישורי חיים וידע רב. בכל פעוטון וגן ילדים של המועצה יש צוות חינוכי הכולל גננת מקצועית וסייעת מנוסה, על מנת להציע לילדים מקום בטוח, המאפשר להם להכיר חברים חדשים, ולרכוש כלים ומיומנויות בתחומים שונים.
תחום החינוך בשוהם נמצא בראש סדר העדיפויות של חברי המועצה והעומד בראשה, צוות אגף החינוך ושאר השותפים לעשייה החינוכית. לכן, בראש כל פעוטון וגן ילדים ניצבת גננת מוסמכת הפועלת בהתאם לחזון החינוך ההוליסטי של המועצה. גני הילדים של המועצה מציעים מסורת חינוכית חדשנית ויצירתית, במהלך הלימודים רוכשים הילדים כישורי חיים וכלים חשובים התורמים לצמיחתם האישית ולהישגים בתחום הלימודי. ראוי לציין כי מערכת החינוך במועצה דואגת לטפח את דור העתיד, לכן יש דגש רב על טיפוח כל ילד וילדה כפרטים בודדים וכחברים בקהילה, וניתן דגש רב גם על מקומו של הפרט בסביבה ובמדינה.
כל גננת המנהלת פעוטון, גן טרום חובה או גן חובה מעבירה לאורך שנת הלימודים שפע תכנים המשולבים בערכי תרבות ומורשת. מערכת החינוך בשוהם מעודדת ילדים לקרוא ספרים מגיל צעיר, לתרום לסביבה באמצעות מיחזור וטיפוח הצומח בסביבת הגן ובבית, ולהקפיד על אורח חיים בריא ונכון הכולל הרגלי תזונה מאוזנת ופעילות גופנית. כמו כן, ילדי הגנים בשוהם זוכים לשלל פעילויות העשרה בכל עולמות התרבות והיצירה, לרבות פעילויות העשרה מוסיקלית הכוללות פיתוח דמיון, ריקוד ותנועה, פיתוח כישורי אמנות ויצירתיות ועוד. לפיכך, במהלך שנת הלימודים, תלמידי גני ילדים של המועצה בשוהם זוכים לסל תרבות עשיר, הכולל בין היתר הצגות ומופעים מגוונים בגן ובבית התרבות של המועצה.